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浙大朱书/张雅楠等NC：多菌代谢接力，激活肠道储备干细胞促肠炎修复Nature Communications——[15.7]
① 背景与设计：为阐明IBD中上皮修复机制，结合患者与小鼠模型，通过谱系追踪、代谢组学及类器官技术，探究菌群如何调控肠干细胞（ISC）再生。② 核心发现与意义：Blautia coccoides（BC）驱动“ILA-IPA-BHB”代谢轴激活HOPX+储备干细胞（rISC），以重建LGR5+ ISC池，揭示了菌群协作促进肠道组织修复的新机制。③ 表型验证：IBD患者及结肠炎小鼠肠道BC丰度降低；BC定植可减轻小鼠肠道炎症、促进屏障修复与LGR5+ ISC再生。④ BHB驱动再生：谱系追踪、代谢组学和基因敲除等实验表明，BC提升肠上皮β-羟基丁酸（BHB）水平，进而激活并诱导HOPX+ rISC转化为LGR5+ ISC，促进黏膜愈合。⑤ 协作代谢轴：BC编码的苯乳酸脱氢酶（fldH）驱动生成吲哚-3-乳酸（ILA），随后经特定协同菌转（如P. russellii和C. sporogenes）化为吲哚-3-丙酸（IPA）方可激活再生程序。⑥ 干预效果：补充IPA或定植表达fldH的工程菌可挽救色氨酸剥夺导致的结肠炎小鼠再生缺陷，加速疾病缓解。
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A microbiota-IPA axis facilitates intestinal stem cell-mediated regeneration in colitis through a Hopx-associated program
2026-02-25 , doi: 10.1038/s41467-026-70062-6
北大汪锴团队：肠菌酶——心血管精准干预新航标（综述）Circulation Research——[16.2]
① 核心观点概述：肠道微生物酶通过代谢关键生物活性分子深度参与心血管代谢疾病（CMD）病理生理，是精准治疗的新靶点。② 三大作用机制：微生物酶通过生成生物活性代谢物、调控宿主胆固醇与胆汁酸稳态及转化药物等外来物质影响CMD进程。③ 氨基酸代谢酶调控：ADC（精氨酸脱羧酶）及UrdA（尿刊酸还原酶）分别驱动精氨酸与咪唑丙酸（ImP）代谢，加剧胰岛素抵抗。④ 脂代谢关键酶：短链脂肪酸（SCFAs）合成酶具保护作用，而CutC/D酶产生的三甲胺被转化为氧化三甲胺（TMAO）加速动脉硬化。⑤ 药物代谢酶影响：微生物酶如Cgr2、Maks会灭活地高辛与阿卡波糖，需开发针对性抑制剂或修饰药物结构以提升疗效。⑥ 靶向干预策略：应用酶抑制剂、工程益生菌、补充吲哚-3-丙酸或调整膳食纤维可精确调节代谢通路，降低心血管风险。⑦ 临床转化挑战：需克服酶递送稳定性与个体差异，利用人工智能挖掘酶暗物质并结合纳米载体推动精准医疗转化。
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Understanding the Role of Gut Microbial Enzyme in CMD
2026-02-26 , doi: 10.1161/CIRCRESAHA.125.326979
河南农大王亚楠团队：首个候鸟微生物组目录，揭示洲际扩散的隐形耐药和病原库Advanced Science——[14.1]
① 背景与设计：针对迁徙鸟类传播耐药性监测数据匮乏的问题，整合中国11省52种鸟类340份宏基因组样本，通过组装分箱构建了迁徙鸟类微生物基因组与基因目录（MBGG）。② 核心发现：MBGG作为首个全球候鸟迁徙微生物组基因资源库，揭示了候鸟作为临床关键耐药基因与人兽共患病原体全球扩散媒介的显著风险。③ 多样性发现：5823个宏基因组组装基因组（MAGs）包含1709个新物种，新种占比达49.1%，分布于36个门，显著扩展了野生动物肠道微生物谱系。④ 功能挖掘：20M非冗余基因包含15678个生物合成基因簇及大量碳水化合物活性酶，假单胞菌门是抗生素挖掘的核心靶点。⑤ 耐药风险评估：检出1814种耐药基因，其中丹顶鹤、大天鹅及花脸鸭是blaNDM和mcr-1等临床关键耐药标记物的携带热点物种。⑥ 空间动态监测：结合10种候鸟GPS高精度轨迹证实，候鸟携带的空肠弯曲菌等病原体随洲际迁徙存在跨国扩散及暴发风险。
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A Genomic Catalog of Migratory Microbiomes from Wild Birds across China's Habitats
2026-02-26 , doi: 10.1002/advs.74581
南理工刘小波团队：龙门石窟生物劣化的微生物元凶Microbiome——[12.7]
① 科学背景与设计：针对龙门石窟石灰岩文物生物劣化机制不明的问题，通过对比高低劣化洞窟石样，集成离子色谱、高通量测序及功能基因芯片技术揭示劣化动力学。② 核心发现与意义：硝化作用而非硫氧化驱动劣化程度差异，蓝藻与氨氧化古菌（AOA）形成的共生体系通过生物产酸导致矿物腐蚀，为石质文物精准保护提供理论依据。③ 群落与理化关联：高劣化样本中 Ca2+ 与 NO3- 浓度显著升高，伴随蓝细菌与Candidatus_Nitrocosmicus等AOA相对丰度显著增加。④ 类群交互与地位：分子生态网络识别出蓝藻与Nitrososphaeraceae为维持群落结构及核心功能的基石类群。⑤ 功能基因异质性：高劣化样本富集硝化基因amoA，低劣化样本中固碳基因acsA及反硝化基因nosZ丰度更高；硫代谢基因在两类样本间无显著差异。⑥ 生物劣化机制：蓝藻作为初级生产者驱动碳氮循环，而AOA介导的氨氧化及硝化产酸是导致石灰岩溶解与劣化动态的主导机制。
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Unraveling the microbiomes contributing to biodeterioration dynamics of limestone heritage at the Longmen Grottoes archeological site
2026-02-24 , doi: 10.1186/s40168-025-02324-2
Science子刊：低剂量肉毒毒素麻痹肠神经，为肠道病原体"开绿灯"Science Advances——[12.5]
① 研究背景与设计：利用食物源性肉毒中毒小鼠模型及肠道沙门氏菌、福氏志贺氏菌感染模型，探究亚临床剂量肉毒杆菌神经毒素（BoNTs）对肠道神经免疫防御的影响。② 核心发现与意义：亚临床剂量BoNTs通过麻痹肠神经系统（ENS）胆碱能神经元，显著降低粘液屏障保护力，从而驱动肠道病原菌的入侵与全身播散。③ 局部神经麻痹：口服亚临床剂量BoNTs并不损害小鼠呼吸及骨骼肌功能，但显著减缓肠道蠕动，并在肠道肌间和黏膜下神经丛的胆碱能神经元中切割SNARE蛋白（SNAP25或VAMP），从而阻碍神经递质释放。④ 病原易感性增加：毒素预处理使感染后派氏结、肝脏及脾脏中的病原菌载量显著增多，证实ENS失能导致宿主易感性显著升高。⑤ 粘液屏障功能障碍：毒素通过抑制乙酰胆碱释放，导致肠道杯状细胞内粘蛋白滞留并减少管腔粘液覆盖，显著削弱了针对病原体易位的第一道物理屏障。
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Enteric botulinum neurotoxins facilitate infection by Salmonella and Shigella
2026-02-25 , doi: 10.1126/sciadv.ady9407
新桥医院杨仕明团队：布拉氏酵母菌重塑微生态，阻断重症胰腺炎继发感染Burns & Trauma——[9.6]
① 研究背景与设计：针对重症急性胰腺炎（SAP）预防继发感染的临床问题，通过单中心开放标签随机对照试验评估了布拉氏酵母菌（S. boulardii）联合肠内营养的临床疗效。② 核心发现与意义：布拉氏酵母菌驱动了呼吸道与肠道微生态的稳定性，显著降低了SAP患者医院感染风险，为重症患者的微生态干预提供高等级证据。③ 临床结局：干预组院内感染率显著降低（0/27 vs 21.7%），且未增加真菌血症风险。④ 生物标志物：肠道真菌ITS2指数可显著预测医院感染发生风险（AUC = 0.95）。⑤ 菌群调节：布拉氏酵母菌干预显著抑制了肠道内肠球菌属以及呼吸道与肠道内念珠菌属的异常增殖。⑥ 机制关联：肠道念珠菌属丰度与动脉血乳酸水平呈显著正相关，提示布拉氏酵母菌通过维持真菌平衡改善SAP预后。
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Saccharomyces boulardii in patients with severe acute pancreatitis: a single center, open-label randomized controlled trial
2026-01-16 , doi: 10.1093/burnst/tkag006
NC：Foxl1如何驱动肠绒毛形态发生Nature Communications——[15.7]
① 背景与设计：哺乳动物肠绒毛形成依赖于上皮-间质互作，为阐明该过程中间质信号网络的调控机制，利用Foxl1敲除小鼠模型，结合单细胞转录组学、CUT&RUN表观基因组学技术和形态学分析。② 核心发现与意义：间质转录因子Foxl1作为上皮Hedgehog信号的关键下游，通过直接驱动平面细胞极性（PCP）基因Fat4及激活PDGFRα和BMP信号，驱动绒毛形态发生与上皮细胞命运区域化。③ 细胞异质性：单细胞测序定义了两类Foxl1+特洛细胞（Telocytes）祖细胞，其中亚群1高表达Pdgfra及多种Bmp，并在空间上定位为诱导绒毛形成的“绒毛簇细胞”。④ 分子调控机制：Foxl1直接结合Fat4启动子以调控间质细胞极性排列；其缺失导致特洛细胞祖细胞中Pdgfra表达及Bmp信号显著降低，引发上皮Wnt信号去抑制。⑤ 表型影响：间质信号异常导致绒毛形成显著延迟，导致绒毛顶端上皮细胞增殖异常、凋亡增加及分泌谱系祖细胞分化的暂时性阻滞。
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Villification of the intestinal epithelium is driven by Foxl1 through activation of PDGFRα and BMPs
2026-02-24 , doi: 10.1038/s41467-026-69791-5
Science子刊：KIT促进小肠簇细胞增生清除蠕虫Science Advances——[12.5]
① 背景与设计：为探究抗寄生虫2型免疫中IL-4/13驱动肠道簇细胞增生的分子机制，利用多种条件性Kit敲除小鼠模型开展研究。② 核心发现与意义：受体酪氨酸激酶KIT在2型炎症中由IL-4/13-STAT6通路诱导表达，特异性支持谱系定型后的簇细胞早期扩增，是实现簇细胞增生及蠕虫清除的关键因子。③ 表达调控：稳态下簇细胞低表达KIT，IL-4/13信号足以驱动其在小肠簇细胞及隐窝前体细胞上显著上调。④ 功能表型：上皮或簇细胞特异性缺失KIT导致蠕虫感染下的簇细胞增生下降约40%，延迟蠕虫清除。⑤ 作用阶段：簇细胞不同阶段特异性基因敲除证实，KIT作用于隐窝内簇细胞谱系定型后、成熟迁移前的早期阶段。⑥ 分子机制：KIT配体SCF呈本底广泛表达，KIT支持簇细胞新生而非存活；簇细胞特异性磷酸化Akt不依赖于KIT信号。⑦ 干预与临床价值：KIT临床抑制剂伊马替尼显著阻断簇细胞增生并削弱抗蠕虫免疫，提示KIT通路是簇细胞相关癌症及2型免疫疾病的潜在治疗靶点。
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KIT supports small intestinal tuft cell hyperplasia
2026-02-25 , doi: 10.1126/sciadv.ady0883
港理大陈旭等：膳食花青素Cy-3-G靶向肠-肝轴，对抗老年脂肪肝Hepatology——[15.8]
① 背景与设计：为探究膳食花青素矢车菊素-3-O-β-葡萄糖苷（Cy-3-G）能否改善老年肝脏脂肪变性及其机制，利用老年小鼠模型结合肠道菌群、胆汁酸代谢及肝FXR信号分析。② 核心发现：Cy-3-G通过选择性富益生菌罗伊氏粘液乳杆菌，增强其胆盐水解酶（BSH）活性，降低FXR拮抗剂牛磺-β-鼠胆酸（T-β-MCA）水平，以激活肝FXR信号缓解肝脂肪变性。③ 表型确认：膳食Cy-3-G显著降低老年小鼠肝脏甘油三酯蓄积，改善肝功能指标。④ 靶点与通路：转录组分析提示肝FXR信号是Cy-3-G作用核心，肝细胞特异性Fxr敲除小鼠中Cy-3-G的益处消失，而体外Cy-3-G不直接激活肝细胞FXR，提示作用依赖肠道来源信号。⑤ 关键菌与代谢重塑：Cy-3-G重塑老年小鼠肠道菌群，显著富集罗伊氏粘液乳杆菌并增强BSH活性；移植 Cy-3-G 组粪便或其热灭活物均可改善受体鼠肝脂肪变性与胆汁酸谱，降低T-β-MCA水平。⑥ 体外验证：体外合成菌群及粪便培养证实Cy-3-G选择性促进罗伊氏粘液乳杆菌生长并加速T-β-MCA去结合。⑦ 机制闭环与干预：直接补充野生型罗伊氏粘液乳杆菌（而非BSH缺陷株）可重现Cy-3-G的代谢益处，支持靶向“菌群-胆汁酸-肝FXR”轴干预老年代谢紊乱的临床潜力。
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Dietary anthocyanins alleviates age-dependent hepatic steatosis by expanding Limosilactobacillus reuteri and modulating gut microbiota-bile acid-hepatic FXR signaling
2026-02-24 , doi: 10.1097/HEP.0000000000001721
河南师大邹威团队：高温下瓶装水微塑料老化，损伤肠-肝轴诱发脂肪肝Environmental Science & Technology——[11.3]
① 背景与设计：针对夏季高温储存导致瓶装水聚对苯二甲酸乙二醇酯（PET）微塑料（MPs）老化的问题，利用斑马鱼慢性暴露模型结合多组学分析热老化对肝脂肪变性的驱动作用。② 核心发现与意义：高温老化显著增强PET MPs肠道滞留并诱发肝脂肪变性，揭示了环境应力介导的理化性质改变是加剧塑料毒性的关键因素。③ 物理表征与蓄积：热老化（60°C，7天）致MPs表面粗糙度提升且粘附力增强，导致其在肠道内显著滞留（6.524 μg/g），而肝脏富集量极低。④ 菌群与屏障损伤：热老化PET暴露显著驱动肠道菌群失调（如厚壁菌门/拟杆菌门比例失衡）及屏障受损，导致脂多糖（LPS）分泌及入血量增加。⑤ 炎症与代谢重构：系统性LPS升高激活通路引发肝脏胰岛素抵抗，通过PI3K/Akt和SREBP-1c驱动脂肪酸从头合成，导致肝脂肪沉积。⑥ 干预与机制验证：使用 TLR4 拮抗剂或补充鼠李糖乳杆菌GG及丁酸钠显著减轻了由热老化PET诱导的肠-肝轴功能紊乱及肝损伤。
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Suboptimal Thermal Storage Facilitates Aging of Bottle-Sourced Polyethylene Terephthalate Microplastics Fueling Hepatic Steatosis through Gut-Liver Axis Disruption
2026-02-25 , doi: 10.1021/acs.est.5c18229
西农江聪团队Cell子刊：细菌锁定病原真菌代谢开关，实现广谱作物保护Cell Host and Microbe——[18.7]
① 研究背景与设计：为探究细菌抑制真菌病害的新机制，从健康小麦穗分离草假单胞菌CXZ-8，通过遗传学、细胞生物学及合成菌群方法，解析其靶向真菌碳分解代谢物阻遏（CCR）通路的作用。② 核心发现与意义：细菌通过“诱骗”病原真菌维持CCR激活状态以抑制其毒力，该策略在田间细菌中普遍存在，据此构建的合成菌群可提供广谱病害抗性。③ 靶向CCR核心机制：CXZ-8黏附于禾谷镰孢菌侵染结构，通过T6SS依赖方式激活真菌cAMP-PKA信号通路，阻止侵染期葡萄糖匮乏诱导的CCR主调控因子FgCreA核输出。④ 下游通路：核滞留的FgCreA持续抑制毒力基因FCO1（编码α-L-岩藻糖苷酶）的转录，从而阻断病原真菌降解植物细胞壁及获取宿主养分。⑤ 保守性与应用：约20%的田间细菌能稳定FgCreA核定位；将CXZ-8与其中4种细菌组装成合成菌群RMC1-1，在田间试验中显著降低小麦赤霉病、稻瘟病及苹果树腐烂病等多种真菌病害的严重程度。
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Bacterial entrapment of a fungal carbon repressor prevents plant colonization
2026-02-25 , doi: 10.1016/j.chom.2026.02.001
肠道pH决定色氨酸代谢流向NPJ Biofilms and Microbiomes——[9.2]
① 背景与设计：结合人群队列分析与体外细菌/粪菌发酵模型，探究肠道pH如何调控微生物色氨酸代谢。② 核心发现：pH是决定色氨酸代谢流向产毒素吲哚或有益代谢物的关键调节因子，低pH抑制吲哚生成，可能有益于慢性肾病管理。③ 人群关联：双队列数据显示，粪便pH与粪便吲哚及尿毒素硫酸吲哚酚、葡萄糖醛酸吲哚酚正相关，与吲哚丙酸（IPA）、吲哚乳酸（ILA）负相关，且与色氨酸酶基因tnaA丰度无关。④ 单一培养机制：酸性环境（pH 5.5）显著抑制大肠杆菌的tnaA表达及吲哚产生，但不影响生孢梭菌（C. sporogenes）生成IPA与ILA。⑤ 共培养验证：在共培养中，低pH抑制吲哚通路的“代谢截流”使色氨酸可利用性显著增加，驱动另一代谢通路Stickland发酵产生更多IPA与ILA。⑥ 菌群效应验证：人类粪菌培养中，低pH同样抑制吲哚产生，部分通过抑制拟杆菌属的tnaA表达及改变产吲哚菌丰度实现。
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pH regulates gut bacterial tryptophan metabolism
2026-02-24 , doi: 10.1038/s41522-026-00935-7
南京大学华子春团队Science子刊：Elovl6通过生成硬脂酸，抑制大肠癌Science Advances——[12.5]
① 背景与设计：针对结直肠癌（CRC）脂质代谢重构机制不明的问题，研究结合临床数据、基因敲除小鼠及多组学技术解析超长链脂肪酸延伸蛋白6（Elovl6）的作用。② 核心发现：Elovl6通过其产物硬脂酸稳定线粒体融合蛋白1（MFN1）、促进线粒体融合并调控甘油磷脂代谢，从而抑制CRC。③ 临床关联与功能：患者CRC组织中ELOVL6表达下调与不良预后相关；Elovl6缺失在细胞和小鼠模型中显著加速结直肠肿瘤发生。④ 菌群与代谢重塑：Elovl6缺失导致肠道菌群失调，其粪菌移植可促进受体小鼠肿瘤发生，代谢组学显示甘油磷脂类水平显著上调。⑤ 线粒体机制：Elovl6缺失导致线粒体碎片化并增强氧化磷酸化；Elovl6与MFN1互作并抑制其泛素化降解。⑥ 关键代谢物：Elovl6产物硬脂酸可稳定MFN1、逆转线粒体碎片化，饮食补充硬脂酸可抑制Elovl6缺失小鼠的CRC进展。
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Elovl6 inhibits colorectal cancer progression through stearic acid-mediated mitochondrial fusion and metabolic reprogramming
2026-02-13 , doi: 10.1126/sciadv.adz2892
结直肠癌不再是唯一宿敌，FAP患者胃癌风险显著攀升Gastroenterology——[25.1]
① 研究背景与设计：针对家族性腺瘤性息肉病（FAP）患者癌症风险谱的演变，对荷兰1230名FAP患者开展50年队列研究，计算累积发病率及标准化发病率比（SIR）评估癌症风险。② 核心发现与意义：预防性手术显著改变了FAP疾病进程，胃癌已成为近年最常见诊断癌症，提示监测策略需重新评估。③ 癌症谱演变：队列中388例患者共发生461例癌症；结直肠癌最常见，但其发病率因手术干预显著下降，自2020年起胃癌发病率超越结直肠癌成为首位。④ 胃肠道癌症风险：FAP患者患胃癌（SIR 12.02）、十二指肠癌（SIR 277.28）、壶腹癌（SIR 113.85）、结直肠癌（SIR 14.22）、小肠癌（SIR 122.03）、肝母细胞瘤（SIR 747.52）及肝细胞癌（SIR 5.43 ）的风险显著高于一般人群。⑤ 肠外癌症风险：FAP患者甲状腺癌（SIR 17.35）、妇科癌症（SIR 2.27）及中枢神经系统癌症（SIR 3.79）的风险也显著增加。⑥ 分期与监测效果：通过监测发现的结直肠癌多为早期（I期），而胃癌常在晚期（IV期）才被诊断，提示当前胃癌监测存在局限。
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Incidence of Cancer in Patients With Familial Adenomatous Polyposis in the Netherlands: A Nationwide Cohort Study
2026-02-25 , doi: 10.1053/j.gastro.2025.10.029
Lancet子刊：手术还是生物制剂？LIR!C试验十年随访重塑回肠克罗恩病治疗范式Lancet Gastroenterology & Hepatology——[38.6]
① 背景与设计：针对常规治疗无效的回肠克罗恩病（CD）患者，对LIR！C随机对照试验129名患者进行中位11年的回顾性随访，对比腹腔镜回盲部切除术与英夫利昔单抗的长期疗效。② 核心发现与意义：回盲部切除术在10年无治疗缓解率上优于英夫利昔单抗，且对年轻患者具有更强的临床缓解驱动作用，确立了其作为早期CD的一线干预价值。③ 无治疗缓解：手术组10年无治疗缓解率为35.8%，显著高于英夫利昔单抗组的13.2%，效应量差异达22.6%。④ 年龄依赖效应：尽管两组总体临床缓解率相似（36.5% vs 28.4%），但手术对20岁患者的10年临床缓解率提升至54%，显著高于药物组的24%。⑤ 预后风险因素：在手术组中，随机化时伴有肛周病变及高龄是追加后续内科治疗或再次手术的显著独立风险因素，风险比分别为2.50和1.16。
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Ileocaecal resection versus infliximab for ileal Crohn's disease: retrospective 10-year follow-up of the LIR!C trial
2026-02-19 , doi: 10.1016/S2468-1253(25)00374-7
克罗恩病乌司奴单抗失效后，强化剂量并未提升长期缓解率Gastroenterology——[25.1]
① 研究背景与设计：针对克罗恩病对乌司奴单抗继发性失应答的干预困境，开展多中心随机对照试验纳入108名患者，评估单次静脉再诱导联合不同频率皮下维护方案的有效性。② 核心发现与意义：单次静脉再诱导后维持每8周给药一次（Q8W）频率与强化至每4周给药一次（Q4W）的疗效相当且总体缓解率偏低，挑战了单纯通过缩短给药间隔来逆转失应答的常规临床实践。③ 主要疗效结局：48周随访显示Q4W组与Q8W组达到无类固醇临床缓解（复合终点）的比例为15%与19%，两组间无显著差异。④ 内镜与生物标志物：Q4W组在完全内镜缓解、应答及粪便钙卫蛋白正常化方面虽具数值优势但未达显著水平，提示剂量强化对粘膜愈合驱动力有限。⑤ 暴露量与安全性：尽管Q4W组血清谷浓度显著高于Q8W组，但药物暴露量与临床终点无显著相关，两组严重不良事件发生率无显著差异。⑥ 临床决策建议：疗效主要源于静脉再诱导而非维护频率强化，建议在干预后24周内进行客观评估，若无效则应及时转换治疗方案。
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The effect of dose-intensification after secondary loss of response to ustekinumab in Crohn’s disease: Results of the REScUE study
2026-02-24 , doi: 10.1053/j.gastro.2026.01.042
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